A organização do departamento segue as diretrizes estabelecidas nos estatutos da NOVA FCT e no Regulamento Interno do DCSA. Atualmente, o Presidente do departamento é o Professor Doutor José Luís Câmara Leme.
Os órgãos de gestão do DCSA incluem também o Conselho de Departamento, que é composto, neste momento, por todos os docentes e investigadores do DCSA.