A investigação no CIUHCT tem como missão mostrar a importância da História da Ciência, da Tecnologia e da Medicina na construção da cidadania e da identidade europeias, focando-se em particular, mas não exclusivamente, em estudos de caso portugueses enquadrados numa perspectiva  internacional. O CIUHCT participa ativamente nos debates internacionais mais relevantes da sua área científica, nomeadamente sobre os conceitos de centro (s) e periferia(s) e sobre a relevância dos saberes e práticas de ciência, tecnologia e medicina na construção do mundo moderno e contemporâneo, usando uma grelha interdisciplinar inovadora baseada na trilogia circulação, apropriação e inovação.